仲介手数料は、宅地建物取引業法で定められた上限額の範囲内で決定します。そのため、基本的には共同仲介も単独仲介も、手数料の上限額は変わりません。ただし、前述したように手数料を値引きすることで、他社との差別化を図っているケースもあります。当然、売主・買主双方から手数料がもらえる単独仲介の方が、値引きの可能性は高くなるでしょう。しかし、単独仲介には次のような弊害が出る可能性もあります。
【囲い込み】
「囲い込み」とは、自社だけで商談を成立させようとする行為です。もし、別の不動産会社の仲介で買主が決まってしまうと、受け取れる手数料が減ってしまう（売主側からのみになる）ため、宣伝活動を十分にしない、他の不動産会社からの問い合わせに対して成約させる方向での適正な対応をしない、ということが考えられます。単独仲介をしている会社が利益を確保するためにする悪習の一つです。
【売り止め】
「売り止め」とは本来「売主側の状況の変化や都合により、一時的に物件を売るのを見合わせている」状態を言います。不動産売買の過程では、一般的に起こり得る事象です。しかし、問題はこの売り止めを自社の利益のために悪用する場合です。他の不動産会社に一切仲介をさせないように売り止めを利用し、結果的に「囲い込み」を行って手数料による利益を確保します。これらは売主にとって大きなデメリットになります。自分が希望する価格や条件で売却しにくくなったり、売れるまでの期間が長くなったりする可能性があるからです。
また、売主と買主双方の間に立って取引を成立させる行為は、民法で禁じられる「双方代理」（第108条）に該当するという指摘もあります。本来は、利益が相反する二者の代理を同一の人間が務めることは、法律で禁じられているのです。ただし、単独仲介はあくまで売主・買主の取引を成立させるために尽力する「仲介（媒介）」ですから、当事者となって契約を行う「代理」とは大きく違うという点で、双方代理に該当しません。
